異丙醇（或乙醇）殺菌的原理，係利用高濃度異丙醇可以讓蛋白質結構發生變化，如果蛋白質剛好是酵素，則絕大多情況下酵素會失去活性，當細菌遭遇高濃度異丙醇時，如果許多酵素都失去作用，則大部分的代謝就無法進行，自然就無法存活。前提是：異丙醇必須要越過細胞膜，進到細菌內部。

酒精可以使蛋白質變性，有收斂和殺菌的效果。酒精的濃度如果過大，會使細菌表面的蛋白質急速凝固，形成硬膜。這層硬膜會對細菌造成保護作用，阻止酒精進一步滲入細菌體內。如果細菌是群聚性的，則位於群聚內部的細菌就更難殺死。細菌可以藉著修復系統重新修補受創的細胞膜，在異丙醇逐漸消失之後，重新活動。因此100％的酒精殺菌效果反而會比較差。

一般70～75％的酒精最適合用於消毒殺菌，此時酒精可以滲入細菌體內，完全凝固細菌體的蛋白質，達到殺菌效果。而且純酒精對皮膚來說太刺激，在70～75％的酒精濃度下，酒精在皮膚的擴散和揮發性最好，而且不會溶解皮膚上的脂質，不會傷及皮膚表皮。所以一般要用在皮膚上消毒的酒精，最好能稀釋至70～75％左右。

故70-75%酒精之相較於純酒精來說，有以下的優點 ：

1. 減緩揮發，延長消毒作用之時間。

2.藉其水份附著於作用物之親水基，使微生物吸附。

3.適度延緩蛋白質之變性作用，使蛋白質之變性機制能深入細胞內部以提升消毒之效果。